Sejumlah lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang tergabung dalam Solidaritas Bhineka Tunggal Ika menilai toleransi beragama makin buruk di bawah kepemimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Lembaga tersebut diantaranya Aliansi Kebangsaan untuk Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan, Wahid Institute, International Center for Transitional Justice dan Moderate Muslim Society.
Direktur Moderate Muslim Society, Zuhairi Misrawi mengatakan kekerasan atas nama agama terus naik jumlahnya dari tahun ke tahun. Hal ini dikarenakan kurang tegasnya kepemimpinan SBY dalam menyelesaikan konflik antar agama yang terjadi di Indonesia.
Selain itu sikap diskriminatif Menteri Agama Suryadharma Ali terhadap aliran agama atau kepercayaan tertentu juga telah memperburuk toleransi kehidupan beragama di Indonesia saat ini.
"Buruknya perlindungan terhadap kelompok minoritas inipula yang mengakibatkan kelompok keras atas nama agama yang anti demokrasi seakan mendapat tempat dan legitimasi di negeri ini," ujar Zuhairi.
"Tren kekerasan atas nama agama menaik dari tahun ke tahun. Kebijakan-kebijakan, statemen dan tindakan politik Menteri Agama juga nampak cenderung melegitimasi kelompok-kelompok kekerasan yang merusakan tatanan demokrasi yang dibangun dengan susah payah sejak reformasi," tambah direktur Moderate Muslim Society ini.
Sementara, Aktivis dari Aliansi Kebangsaan untuk Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan, Fadjroel Rahman menyatakan seharusnya pemerintah khususnya Presiden SBY memberikan jaminan kebebasan dan rasa aman bagi semua kelompok agama dalam melaksanakan ibadah.
Dia juga mempertanyakan tindakan konkrit dari Presiden SBY yang ingin membubarkan ormas anarkis.
"Bubarkan ormas perusuh. Sampai hari ini tidak pernah ada tindakan yang dilakukan atas pidato tersebut padahal pidato itu kan instruksi makanya dalam titik ini menurut saya pak SBY harus tegas dan jelas  bahwa memimpin itu berpihak kepada institusi dan memilih apa yang diwajibkan oleh konstitusi," komentar Fadjroel Rahman.
Terkait dengan rencana reshuffle kabinet Indonesia Bersatu II, Solidaritas Bhineka Tunggal Ika ini juga mendesak Presiden SBY untuk mengganti Menteri Agama Suryadharma Ali karena dia tidak berpihak kepada kepentingan seluruh warga negara tetapi cenderung mengutamakan kelompok kecil yang mendukung kekuasaannya.
Sementara itu, Juru Bicara Presiden Julian Aldrin Pasha mengungkapkan bahwa Presiden SBY dan pemerintahanya memiliki komitmen yang besar terkait kebebasan beragama.
Sehubungan dengan pembubaran ormas anarkis, Julian mengatakan hal tersebut masih terus dibahas oleh Kementerian Dalam Negeri.
"Tidak boleh kita benarkan seseorang, kelompok orang yang melakukan kekerasan terhadap orang lain, terhadap seseorang yang beragama lain dengan atas agama. Tidak boleh ada tindak kekerasan apapun termasuk agama," demikian Julian Aldrin Pasha.
Riset Wahid Institute menyatakan di tahun 2010 telah terjadi 223 kejadian diskriminasi agama. Jumlah ini naik sekitar 50 persen dari tahun 2009.
Laporan Pusat studi agama dan keberagaman Universitas Gadjah Mada mencatat masalah rumah ibadah bertambah di tahun 2010 dengan 39 kasus, dari 18 kasus di tahun 2009. 43 persen diantaranya melibatkan kekerasan fisik.